| 明治43年04月 | 水戸陸軍衛戌病院(水戸市渡里町)として創設後水戸陸軍 病院と改称 |
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| 昭和20年12月 | 厚生省に移管され国立水戸病院として発足 |
| 昭和25年04月 | 日本医療団茨城県厚生病院が厚生省移管となり合併 (渡里町病院本院・裡五軒町病院と合併) |
| 昭和37年09月 | 新病院敷地として当院渡里町財産との等価相互所管轄により水戸市東原 (茨城大学東原分教場敷地(旧制水戸高等校 跡))を取得し、病院新築整備に着手 |
| 昭和40年11月 | 水戸東原に移転 |
| 昭和46年09月 | 臨床研修病院の指定取得 |
| 昭和56年04月 | 救命救急センター運営開始 |
| 平成15年01月 | 新病院敷地として水戸市東原との対価交換により現在地(茨城町桜の郷)を取得し、整備に着手 |
| 平成16年04月 | 独立行政法人化に伴い国立病院機構水戸医療センターと 改称 |
| 平成16年10月 | 現在地(茨城町桜の郷)に移転 |
| 平成18年08月 | 地域医療支援病院に指定(茨城県知事) |
| 平成19年03月 | 病院機能評価Ver.5.0 取得 |
| 平成20年04月 | 臨床研究部を設置 |
| 平成20年07月 | DPC対象病院に認定 |
| 平成22年07月 | 茨城県ドクターヘリ基地病院として運営開始 |
| 平成23年04月 | 地域がん診療連携拠点病院に指定(厚生労働大臣) |
| 平成24年04月 | 病院機構評価Ver.6.0 取得 |
| 平成25年11月 | 基幹災害拠点病院に指定(茨城県知事) |
| 平成26年04月 | 地域医療連携センター開設 |
| 平成28年01月 | 手術支援ロボット ダビンチ導入 |
| 平成28年02月 | 電子カルテ導入 |
| 平成29年03月 | 原子力災害街拠点病院に指定(茨城県知事) |
| 平成29年03月 | 病院機構評価項目3rdG:Ver.1.1取得 |
| 平成30年03月 | 緩和ケア病棟開設 |