当院は、昭和14年2月に傷痍軍人京都療養所として設立されました。昭和20年12月に厚生省に移管し国立京都療養所となり、広く国民医療を担当する施設として再発足しました。

昭和44年からは4年間で重症心身障害児病床120床を設置、昭和50年4月には国立療養所南京都病院に名称変更しています。

その後国民医療の質的、量的な変化に伴い、政策医療推進のため、平成16年4月1日より国立病院、療養所が新たに独立行政法人国立病院機構として一つの組織の元に再スタートを切りました。

当院は、結核はもとより、非結核性呼吸器疾患（肺がん、呼吸不全、喘息、慢性気管支炎等）、重症心身障害、小児慢性疾患、神経・筋疾患、長寿医療、慢性肝疾患、脳卒中リハビリ並びに一般疾患の診断と治療を主体とした診療機能を持ち、専門性を生かした高度医療の充実を図っています。

主な医療機器の整備状況

• コンピューター断層撮影装置（マルチヘリカルスキャンCT）
• 磁気共鳴コンピュータ断層撮影装置（MRI）
• 放射性同位元素診断装置（ガンマーカメラ）
• 血管連続撮影装置
• X線テレビ装置
• 骨密度測定装置
• 内視鏡ファイバースコープ（胃・気管支・大腸）
• 内視鏡手術装置
• 超音波診断装置
• 終夜睡眠ポリグラフ装置
• 磁気刺激装置および筋電計

認定医制度施設等

• 日本呼吸器学会認定施設
• 日本気管支学会認定医制度認定施設
• 日本胸部外科学会認定医制度関連施設
• 日本外科学会外科専門医制度修練施設
• 日本感染症学会専門医研修施設
• 日本呼吸器外科学会専門医制度認定施設
• 日本呼吸器内視鏡学会認定施設
• 日本神経学会教育施設
• 日本静脈経腸栄養学会NST稼働認定施設
• 呼吸器外科専門医認定機構関連施設
• 放射線科専門医修練協力機関