昭和４８年、我が国の難病対策の一環として、既存のアレルギーセンター（昭和２９年指定−昭和３２年設立）を母体にして、病態・発症において共に免疫学的機序と深く関わる慢性関節リウマチと関連疾患を加えて、リウマチ・アレルギー疾患の基幹施設に指定され、昭和５１年より国立病院における初めての臨床研究部として発足しました。当臨床研究部の特色としては、機能付与されたリウマチ・アレルギー疾患という複数診療科の関わる疾患の特殊性を生かすべく、臨床研究部を軸に複数科が常に協力して日常診療、臨床研究に当たっていることです。特にアレルギー疾患をアレルゲンに対するホストの種々の反応の面、及び攻撃因子であるアレルゲンの側からその分析を行うというように、アレルギー反応を多角的に研究することを特徴としています。すなわち疫学から始まり、臨床統計、病態・発症機序の解明、さらには抗原分析まで一施設でアレルギー疾患を包括的に研究・診療できる体制にあることが特徴です。
　平成１１年３月の国立病院・療養所の再編成計画の見直しにおいて、当院が政策医療"免疫異常"の高度専門医療施設（準ナショナルセンター）に指定されたのに伴い、これまでの１部５室の臨床研究部は、平成１２年１０月からは、国立病院・療養所における初めての臨床研究センターとして５部１５室に拡大改組されました。